Siendo una adaptación bastante libre del manga, se permitieron bastantes adiciones como burlas a muchísimas series, tanto las favoritas de siempre como con las que competían por el rating (‘Dragon Ball’, ‘Yamato’, ‘Love Hina’ y ‘Sailor Moon’ son algunos de los animes parodiados), e incluso llegaron burlarse de miembros del staff, pero principalmente de ellos mismos, que aparecen en el anime en diversos roles.

Excel, una chica hiperactiva y excéntrica, acaba de terminar la secundaria, pero por un infortunio es atropellada por un camión y clínicamente muere. Sin embargo, gracias a la Gran Voluntad del Macrocosmos es revivida y comienza a trabajar para una organización secreta que quiere dominar el mundo: ACROSS. El jefe de esa organización secreta, Il Palazzo, aparenta ser un hombre serio pero constantemente está haciendo cosas infantiles. Dentro de sus planes se encuentra destruir la humanidad por considerarla corrupta y formar una nueva sociedad perfecta; pero al ser un plan a gran escala decide comenzar destruyendo una ciudad, Fukuota.

Excel, que siente una gran admiración por Il Palazzo, no duda al momento de obedecer todas sus órdenes, por lo que se dispone a cumplir su primera misión: eliminar al autor del manga mas absurdo e idiota de todos los tiempos, Koshi Rikkudo.

Como organización rival de ACROSS, y con el principal objetivo de proteger a la ciudad, se encuentra el Departamento de Seguridad Ciudadana, a cargo de Kabapu, cuyos empleados son Toru Watanabe, Daimaru Sumiyoshi, Norikuni Iwata, Misaki Matsuya (vecinos de Excel) y las androides Ropponmatsu Unidad 1 y Ropponmatsu Unidad 2, todos especializados en la desactivación de bombas.

A lo largo de la serie se conocerán infinidad de nuevos personajes que se roban el protagonismo de los episodios, demostrando que incluso la historia secundaria del capítulo es más que una excusa para mostrar situaciones cada vez más locas y absurdas.